La Universidad de Alcalá es la institución más representativa del mecenazgo ejercido por Cisneros en la Corona de Castilla.

El Cardenal comprendió que la reforma religiosa debía ir precedida por una profunda y sistemática reforma educativa y cultural. Los Reyes Católicos sabían que sus aspiraciones de creación de un Estado moderno, que habían iniciado desde el inicio de su reinado en 1474, sólo se harían realidad si se integraban en un programa de renovación moral y religiosa de la sociedad.

Gracias a la colaboración entre los Reyes Isabel y Fernando, Cisneros y el Papa Alejandro VI, que ocupaba la sede pontificia desde 1492, surgió el proyecto de creación de un nuevo centro universitario en Castilla que respondiese a los ideales educativos de los nuevos tiempos que todos ellos compartían. Para ubicar ese centro se pensó en Alcalá de Henares.

En abril de 1499 el Papa autorizó, a petición de Cisneros, la creación del Colegio-Universidad de San Ildefonso con Facultades de Teología, Derecho Canónico y Artes Liberales. Era el núcleo de un gran complejo educativo del que dependerían financiera y administrativamente los Colegios Menores o de Pobres.

La idea de Cisneros era crear una institución eclesiástica que elevase el nivel espiritual de la sociedad en general y del clero en particular, por medio de un organismo completo de enseñanza elemental y superior orientado hacia la enseñanza de la Teología.

El novedoso planteamiento del acceso directo a los textos sagrados en hebreo, griego y latín, permitió asumir el espíritu del mejor humanismo cristiano.