La villa de Alcalá fue sede de la corte señorial de los Arzobispos de Toledo. En 1118, las tropas del arzobispo Bernardo de Sédirac conquistaron definitivamente la fortaleza musulmana por delegación del rey Alfonso VI. Luego su sucesor Alfonso VII la donó a la Mitra toledana en 1129.

El nuevo enclave cristiano se desarrolló en la villa o burgo de San Justo, lugar en el que se rendía culto desde la época mozárabe a los niños Justo y Pastor, martirizados al inicio del siglo IV.

Desde 1135 los arzobispos promulgaron diferentes ordenamientos recopilados en el Fuero Viejo de mediados del siglo XIII, y construyeron el palacio arzobispal, la Iglesia de San Justo, la Plaza del Mercado y la muralla con sus torres.

En 1293, el rey Sancho IV autorizó la creación de un Estudio General, momento que inició la trayectoria académica de Alcalá, continuada por el arzobispo Alonso Carrillo de Acuña en 1459 y completada por el arzobispo Pedro González de Mendoza en 1487.

PCisneros se propuso convertir a su villa de Alcalá en el centro académico más importante del Arzobispado de Toledo, coincidiendo en todo con el ideario cultural de la Reina.

Promovió distintas fundaciones como el Convento de San Juan de la Penitencia con su Colegio de Doncellas y organizó el gobierno municipal a través de las Ordenanzas de 1504 y el Fuero Nuevo de 1509, para que el orden reinara en la villa y ubicar en ese espacio su proyecto docente.